Moleculele organice pot fi clasificate in functie de grupurile functionale pe care le contin, precum alcooli, aldehide, cetonie, acizi carboxilici etc. Proprietatile acestora depind de structura lor, dar in general moleculele organice sunt insolubile in apa si solubile in solventi organici, au puncte de topire si fierbere relativ scazute, pot forma legaturi de hidrogen intre molecule si au reactivitate chimica ridicata din cauza prezentei de electroni in perechile nelegati ai atomilor de carbon.