Microorganismele din sol au un rol important in fertilizarea naturala a solului prin transformarea nutrientilor din materiile organice in forme disponibile pentru plante. Ele ajuta la imbunatatirea structurii solului si la mentinerea fertilitatii. De asemenea, anumite specii de microorganisme sunt capabile sa degradeze poluantii din sol sau sa previna infectiile plantelor cu patogeni.