Microbiomul intestinal este format din miliarde de bacterii, virusi și fungi care traiesc in tractul digestiv. Aceste microorganisme sunt colonizate in primele zile ale vietii si provin atat din mediu cat si de la parintii nostri. Grame pozitive si negative, aerobic si anaerobic, fecale si non-fecale, acestea din urma fiind mult mai prezente la copii. Microbiomul intestinal este un important factor de protectie impotriva infectiilor bacteriene si joaca un rol vital in nutritie si metabolism, iar studiile recente sugereaza ca microbiomul poate influenta diferite tulburari ale sistemului imunitar si ale sistemului nervos central.