Microorganismele pot fi utilizate pentru a îmbunătăți sănătatea solului, pentru a crește randamentul culturilor și pentru a reduce necesitatea utilizării pesticidelor și îngrășămintelor chimice. De exemplu, bacteriile fixatoare de azot pot ajuta plantele să absoarbă mai eficient nutrienții din sol, iar unele fungicide pot lupta împotriva bolilor plantelor.