Există mai multe modalități de gestionare a deșeurilor animale în agricultură, precum utilizarea lor ca îngrășăminte, transformarea lor în biogaz sau biodiesel, sau chiar utilizarea scursurilor lichide ca fertilizatori pentru irigații. Înainte de a lua o decizie privind modul de gestionare a deșeurilor, este important să se analizeze impactul asupra mediului și să se ia în considerare și reglementările locale privind eliminarea deșeurilor și protejarea mediului.