Aceasta reactie a sistemului imunitar poarta denumirea de autoimunitate si apare atunci cand sistemul imunitar considera propriile celule si tesuturi ale organismului ca fiind straine si le ataca. Cauzele exacte ale autoimunitatii nu sunt pe deplin intelese, dar se crede ca ar putea fi legate de o combinatie de factori genetici si de mediu, cum ar fi infectiile, stresul si expunerea la anumite substante chimice. Autoimunitatea poate duce la aparitia unor boli autoimune, cum ar fi lupusul eritematos sistemic, artrita reumatoida si boala celiaca.