Metodele de sterilizare folosite in industria farmaceutica includ autoclavarea, irradierea cu raze utilizand radiatia UV sau cu raze gama, filtrarea, pasteurizarea si utilizarea de substante chimice ca etilenoxid, oxid de etilena, acid peracetic sau dioxid de clor. Fiecare metoda prezinta avantaje si dezavantaje, in functie de tipul specific de produs farmaceutic si de destinatia finala.