Printre riscurile asociate cu administrarea apei reziduale în agricultură se numără posibilitatea contaminării solului cu substanțe toxice sau bacterii patogene, precum și consumul de către om a produselor agricole provenite din soluri contaminate cu apa reziduală. De asemenea, există riscul de poluare a apelor subterane, care poate duce la afectarea echilibrului ecologic.