Mecanismele prin care se transmit maladiile autoimune nu sunt pe deplin înțelese, însă se pare că sunt implicați factori precum predispoziția genetică și factori de mediu (infecții, expunerea la substanțe toxice). În cadrul maladiilor autoimune, celulele sistemului imunitar atacă propriile țesuturi și organe, ceea ce duce la inflamație și distrugerea acestora.