Standardizarea alimentelor ecologice și bio implică o serie de probleme, cum ar fi definirea și interpretarea termenilor, veridicitatea etichetelor și a reclamelor, precum și nivelul de calitate și siguranță alimentară al acestor produse. De asemenea, în lipsa unor standarde clare și recunoscute la nivel internațional, poate exista o confuzie între diferitele categorii de produse alimentare "ecologice" și "bio".