Separatismul din regiunea Transnistria afectează direct și indirect securitatea națională a Republicii Moldova, prin destabilizarea politică, economică și socială a regiunii, precum și prin sprijinul pe care îl primește de la Rusia. În plus, această problemă poate afecta relațiile Moldovei cu țările vecine și poate fi un obstacol în calea integrării europene a țării.