Sistemul endocrin controlează metabolismul organismului prin secreția de hormoni în sânge. Hormonii sunt mesageri chimici care acționează asupra altor celule pentru a regla procesele metabolice. Stresul poate afecta sistemul endocrin prin eliberarea de hormoni de stres, cum ar fi cortizolul, care poate duce la creșterea greutății și a tensiunii arteriale, precum și la apariția altor probleme de sănătate. În plus, stresul cronic poate duce la epuizarea glandelor endocrine, ceea ce poate afecta negativ starea de sănătate a organismului.