Microorganismele din sol sunt responsabile pentru decompoziție și reciclarea materialului organic din sol. Ele participă la ciclul carbonului, azotului și fosforului, transformând substanțele organice și eliberând substanțe nutritive în sol. Fără microorganisme, solurile ar fi bogate în materie organică, dar pierdut greu de către plante, ceea ce ar putea creeze un deficit de substanțe nutritive în plante. De asemenea, acești agenți pot ajuta la consolidarea solului, îmbunătățind structura solului și favorizând dezvoltarea rădăcinilor plantelor.