Mecanismul prin care o bacterie devine rezistentă la antibiotice este prin selecția naturală a variantelor care prezintă mutații favorabile pentru supraviețuirea în prezența substanțelor antimicrobiene. De exemplu, o bacterie care prezintă o mutație care îi permite să degradeze antibioticul îl poate utiliza ca sursă de hrană și poate supraviețui în prezența sa.